Zjawiskiem bardzo trudnym do wyjaśnienia, jakie towarzyszyło ojcu Pio była bilokacja. Święty nigdy nie opuszczał San Giovanni Rotondo, a wiele razy do klasztoru przychodziły listy od osób, które się z nim spotkały i z nim rozmawiały.
Gdy na Węgrzech komuniści rozpętali walkę z Kościołem, papież Pius XII mianował arcybiskupa Ostrzyhomia, Józefa Mindszentego, prymasem tego kraju. Wkrótce potem komunistyczny rząd Węgier fałszywie oskarżył prymasa o zdradę stanu i skazał go na dożywotnie więzienie, dokonując jego aresztowania w grudniu 1948 roku.
Z wiarygodnego raportu Angela Battistiego, dyrektora Domu Ulgi w Cierpieniu i maszyno pisarza w watykańskim Sekretariacie Stanu, dowiadujemy się o niecodziennych odwiedzinach Ojca Pio w węgierskim więzieniu. W latach pięćdziesiątych Stygmatyk kilkakrotnie dzięki bilokacji zjawił się w celi, w której był przetrzymywany kardynał Józef Mindszenty. Informację tę potwierdzili także współwięźniowie prymasa, którzy byli tego świadkami.
Pomimo ścisłego nadzoru, Ojciec Pio, który w tym samym czasie przebywał w San Giovanni Rotondo, spotykał się z Mindszentem, rozmawiał z nim, dodawał mu otuchy, a nawet przynosił mu paramenty potrzebne do odprawienia mszy świętej. W raporcie możemy przeczytać następującą relację: „Pewnego ranka Ojciec Pio ukazał się przed nim ze wszystkim, czego potrzebował do Eucharystii. Prymas odprawił mszę, a Ojciec Pio służył do niej (jako akolita), następnie rozmawiali, a na koniec Ojciec Pio zniknął ze wszystkim, co przyniósł”.
Kiedy w 1956 roku prymas Węgier wyszedł na wolność, jego sekretarz poinformował o tych zdarzeniach Angela Battistiego i poprosił go o uzyskanie potwierdzenia ich prawdziwości u samego Ojca Pio. Battisti, pomimo pewnych oporów, spełnił jego prośbę. Ojciec Pio potwierdził swe tajemnicze odwiedziny, do których dochodziło kilka lat wcześniej za sprawą bilokacji. Dał również do zrozumienia, że kardynał padł ofiarą okrutnych tortur, jakich dopuściły się na nim węgierskie władze komunistyczne.
Do podobnego zdarzenia doszło również w latach pięćdziesiątych. Czechosłowackie władze komunistyczne postanowiły przejąć kontrolę nad sprawami Kościoła katolickiego oraz ograniczyć jego wpływ na społeczeństwo. W tym celu zainicjowały likwidację zrzeszeń, zakonów i prasy religijnej. Ograniczono również działalność duszpasterską księży lub ich więziono. Aby uchronić się przed represjami, jedna z siostrzanych wspólnot zakonnych postanowiła prowadzić życie ukryte w górach. Zakonnice, chcąc pozostać anonimowe, zaprzestały noszenia habitów. W ciągu dnia pracowały na roli, a w nocy zbierały się na wspólną modlitwę.
Właśnie te siostry napisały list do Ojca Pio, w którym dziękowały mu za trud przybycia w 1951 roku do ich wspólnoty w celu odprawienia dla nich mszy świętej oraz ubolewały nad tym, że nie pozostał z nimi dłużej, by spożyć skromny posiłek. Pytały również, jak mu się udała podróż powrotna i czy nie miał problemów na przejściu granicznym. List trafił do rąk o. Domenica, z pochodzenia Amerykanina, który w tym czasie zajmował się prowadzeniem w języku angielskim korespondencji przychodzącej do Ojca Pio.
Z jego treści wynikało, że siostry były absolutnie przekonane, iż Ojciec Pio opuścił San Giovanni Rotondo i wybrał się w podróż do Czechosłowacji. Tymczasem powszechnie wiadomo, że on od 1918 roku nigdy nie wyjeżdżał z klasztoru, choć widziano go w różnych częściach nie tylko Europy, ale i świata, jak choćby w Kalifornii czy Urugwaju.